Seebi peamiseks eesmärgiks ja funktsiooniks on mustuse ja mustuseosakeste, eemaldamine määrdunud või puhastamist vajavatelt pindadelt, olgu selleks siis käed, keha või igapäevased tarbeesemed. Kuidas seep sellega hakkama saab?
Seep on looduslik pindaktiivne puhastusaine. Pindaktiivsetel ainetel on omadus koguneda ainete välispinnale ja vähendada seeläbi erinevate ühendite (erinevad vedelikud, vedelik ja gaas või vedelik ja tahke aine) omavahelist vastastikust pindpinevust, moodustades nimetatud pindade vahele eralduskihi. Selle omaduse tõttu kasutatakse pindaktiivseid aineid laialdaselt erinevates puhastusvahendites, vahuainetes ja emulgaatorites.
Kõik ained koosnevad molekulidest. Põhimõtteliselt võib kõiki molekule liigitada kahte kategooriasse – hüdrofiilseteks ehk vett siduvateks (vesi ja kõik vees lahustuvad ained) ja hüdrofoobseteks ehk vett tõrjuvateks (õlid ja teised vees mittelahustuvad ained). Hüdrofiilsed ja hüdrofoobsed molekulid seejuures omavahel ei segune (nagu ei segune ka õli ja vesi).
Seebi (ja ka teiste pindaktiivsete ainete) molekul on oma struktuuri poolest ülesehitatud nii, et koosneb ühest otsast vett tõrjuvast (hüdrofoobsest) komponendist, teisest otsast vett siduvast (hüdrofiilsest) komponendist, olles seega üheaegselt nii vees (või muudes vedelikes) lahustuv kui ka mittelahustuv. Selles omaduses seisneb ka seebi võime hüdrofoobseid ja hüdrofiilseid osakesi omavahel siduda.
Kokkupuutes vee või muu vedelikuga moodustub seebi ja vedeliku molekulide koosmõjul erilise kera kujulise struktuuriga molekul ehk mitsell. Mitselli välispinna moodustab vett siduvatest komponentidest koosnev kiht, mis kapseldab vett tõrjuva komponendiga seotud mittelahustuvad osakesed (õlid, tahked osakesed) endasse, takistades osakeste omavahelise ühinemise ja muutes need vees lahustuvateks.
Tolm, pori, muda, toidujäägid, keha- ja muud vedelikud, surnud naharakud – kõik see, mida võiks nimetada mustuseks koosneb enamasti suuremas osas vees mittelahustuvatest orgaanilistest ja anorgaanilistest mikroosakestest. Nimetagem neid lihtsustatult mustuseosakesteks. Kõige muu seas on selle hulgas kindlasti ka erinevaid mikroorganisme, sadu erinevaid baktereid ning võimalik et ka viirused. Kokkupuutes seebi ja veega tungivad seebi molekulid oma hüdrofoobse komponendi toimel mustuseosakeste pinnale, moodustades nende ümber mitselli ning tõstavad need puhastatavalt pinnalt lahti.
Lisaks mikroosakeste füüsilisele eemaldamisele on seebil võime hävitada mõningaid baktereid ja viiruseid. Nimelt koosneb paljude viiruste ja bakterite väliskiht lipiididest (vees mittelahustuvad rasvhappest ja alkoholist koosnevad biomolekulid). Kokkupuutes seebi molekulidega hakkab see lagunema, seebi molekulid tungivad läbi viiruse või bakteri väliskesta ning lõhuvad selle tükkideks. Edasi toimib seep juba oma tavapärasel moel, ümbritsedes tükkideks lõhutud viiruse ja bakteri osakesed mitselliga ning võimaldades need kergesti veega minema uhtuda.
Niisiis toimib seep kahel erineval moel. Esiteks, hävitab seep mõningaid baktereid ja viiruseid, tungides läbi neid ümbritseva lipiidse väliskihi ning lõhkudes need tükkideks. Teiseks, seebis sisalduv puhastusaine seob vee abil endaga vees mittelahustuvad mustuse ja muud osakesed (sealhulgas bakterid, viirused, mikroorganismid), muutes need vees lahustuvateks ja veega kergesti eemaldatavaks.
